Ο Οργανισμός έχει επίσης υπογράψει πρωτόκολλα διμερούς συνεργασίας με γειτονικές χώρες. Πολύ σημαντική ήταν η εμπειρία της ενεργού συμμετοχής στο πρόγραμμαστηριότητα στα πλαίσια της Ευρωμεσογειακής Συνεργασίας και ειδικότερα του EUROMED Quality Programme.